O PIUDHist é um programa totalmente inter-universitário, desenvolvido em colaboração formalizada entre quatro instituições universitárias portuguesas:

• Universidade de Lisboa através do Instituto de Ciências Sociais e da Faculdade de Letras
• ISCTE – Instituto Universitário de Lisboa através do Departamento de História
• Universidade Católica Portuguesa através do Centro de Estudos de História Religiosa (Faculdade de Teologia) e Faculdade de Ciências Humanas
• Universidade de Évora através da Escola de Ciências Sociais, Departamento de História e Centro Interdisciplinar de História Culturas e Sociedades