O PIUDHist admite projetos de tese em qualquer tema, época ou área geográfica, privilegiando, no entanto, os seus 4 eixos temáticos principais (dinâmicas sociais e estruturas políticas; instituições e desenvolvimento económico; impérios, colonialismo e pós-colonialismo; movimentos intelectuais e socioculturais).

Cada aluno tem inteira liberdade de escolha do seu tema específico de tese. Essa escolha será devidamente apoiada e enquadrada pelos responsáveis do Seminário de Projeto I e II e pela Comissão Diretiva, garantindo que se trata de um tema historiograficamente relevante, original, exequível e sustentado em fontes apropriadas.

Cada tese pode ter, além do orientador, um co-orientador, sendo que o primeiro deverá ser membro da equipa docente do programa doutoral. Todos os membros do corpo docente estão capacitados para a orientação de teses de doutoramento, cobrindo, no seu conjunto, um largo espectro de competências e especializações em termos temáticos, cronológicos, teóricos e metodológicos.

A escolha de orientador e co-orientador compete, em primeira instância, a cada aluno, cabendo à Comissão Diretiva a respetiva nomeação formal.

A orientação de uma investigação de doutoramento é, em grande medida, uma relação pessoal enquadrada num contexto profissional, regida por uma carta de direitos e obrigações de ambas as partes. A Comissão Diretiva do PIUDHist assegura que os contactos entre o doutorando e os seus orientadores se realizam com uma periodicidade adequada e de acordo com as boas práticas académicas.